Сохранив свою узнаваемую каплевидную форму, в третьем поколении кузов Estima приобрел некоторые заострённые черты, подчеркнувшие индивидуальность этого минивэна. При разработке интерьера основное внимание было направлено на материалы и цвета отделки, а также на повышение комфортности пассажирского пространства в целом. Estima оборудуется местами для семи или восьми человек (на выбор), в семиместном варианте положение сидений второго ряда регулируется по горизонтали в диапазоне целых 800 мм. В восьмиместном варианте второй ряд сидений — откидного типа, а третий ряд можно убрать под пол и получить в распоряжение огромный багажник. Доступны следующие комбинации двигателя/трансмиссии: 3,5-литровый V6 с 6АКПП и 2,4-литровый четырёхцилиндровый с вариатором. Привод передний либо полный. В линейке также имеется модификация «Aeras» с аэродинамическим обвесом.
С июня 2006 г начался выпуск гибридной версии. По аналогии с Prius и Harrier Hybrid, здесь используется гибридная система второго поколения THS II. Силовая установка состоит из 2,4-литрового бензинового двигателя и электромотора. Расход бензина — на уровне компакт-каров: 5 л на 100 км (по стандарту «10-15»). С 40 до 70 км/ч автомобиль разгоняется за 4,2 секунды — как аналогичная «негибридная» модель с 3,5-литровым бензиновым двигателем. Экстерьер гибридной Estima отличается от обычной дизайном переднего бампера и решетки радиатора, а также прозрачными задними комбинированными фарами. В интерьере стоит отметить оптитронную панель приборов. Как и в предыдущем поколении, автомобиль не имеет тахометра, зато появились датчики мощности и расхода бензина.
3,5-литровый двигатель теперь соответствует уровню 75-процентного снижения токсичности выхлопных газов по нормативам 2005 г. Изменение в интерьере комплектации «Aeras S Package»: приборы стали красного цвета. (Июнь 2007 г.)
Подверглись редизайну решетка радиатора, бампер, а также передние и задние комбинированные фонари. Полностью изменён дизайн алюминиевых колесных дисков. В список стандартного оборудования вошли круиз-контроль, салонное панорамное зеркало и модуль управления аудиоплеером на рулевом колесе. (Декабрь 2008 г.)
Двигатели 3,5 л и 2,4 л соответствует уровню 75-процентного снижения токсичности выхлопных газов по нормативам 2005 г, в связи с чем автомобилю обеспечены повышенные налоговые льготы. Опциональная навигационная система на жёстком диске теперь имеет функцию «сопровождения» вас до самого места назначения, а при вставлении карточки ETC (для бесконтактной оплаты проезда по скоростной магистрали) звучит голосовое предупреждение о дате истечения срока действия.
